（1）农业生物技术研究中心
研究内容：本中心依托上海市农业生物基因中心，以模式植物水稻为主要研究对象，以农作物抗逆性研究为主导，开展主要农作物基因资源和有利基因发掘、重要基因功能分析、基因克隆和生物技术育种等领域的研究工作。
研究人员：罗利军、卢永红、刘灶长、梅捍卫、姚泉洪、张德福等

（2）农业遗传育种中心
研究内容：本中心主要研究植物细胞培养、细胞遗传、细胞工程育种；蔬菜育种与自交不亲和系、雄性不育系的利用及机理；油菜、水稻功能基因及优良性状种质资源的挖掘；并在油菜显、隐性核不育三系遗传机理和粳稻三系技术进行了实用性的开发和应用。
研究人员：黄剑华、孙超才、袁勤、朱为民

（3）农业环境科学与工程技术中心
研究内容：本中心以生态学、系统论、控制论、生物多样性等现代科学理论与方法为基础，研究农作物栽培中的病害虫综合防治技术、农产品安全卫生优质生产技术、农田废弃物的再生循环利用技术、污染河道水体修复技术、农业面源污染的监测和控制技术，建立农业资源高效综合利用的生产方式，从根本上减少化肥、农药等农业投入，控制农业污染，为实现农业可持续发展提供理论依据及技术保障。
研究人员：姚政、蒋杰贤、宋祥甫、王冬生

（4）应用微生物技术中心
研究内容：本研究中心研究内容主要包括应用微生物的资源收集，保藏、开发利用以及遗传评价；应用真菌交配型基因的遗传分析，遗传转化系统的建立、功能基因的克隆，杂交优势的利用和机理研究，发育代谢机理，原生质体技术在育种上的应用，功能因子的分离、结构分析和应用；人工智能环境下应用微生物的生产、自然气候条件下微生物的生产以及特殊条件下应用微生物深层发酵生产；应用真菌活性物质的研究与开发、应用真菌深加工技术的研究与转化。
研究人员：谭琦、曹晖、陈明杰、张劲松