农业研究院实行建立院长负责制，由上水大校长和农科院院长兼任农业研究院院长。院长负责农业研究院的人员聘任，研究决定双方合作和研究院发展中的重大问题。
    农业研究院建立院务委员会，为院长决定重大问题提供决策咨询。院务委员会由10人组成，双方等额产生。院务委员会主任由院长兼任。
    农业研究院建立院办公室，负责处理研究院的日常事务。院办公室人员由上海海洋大学研究生部和上海市农科院人事处推荐，院办公室主任由双方部门主要负责人兼任。
    农业研究院下设四个中心：农业生物技术中心、农业遗传育种中心、农业环境科学与工程技术中心、应用微生物技术中心。中心由双方教师和研究人员组成，作为研究生培养基地和科研合作平台。